Lembaga negara kadang disebut dengan istilah lembaga pemerintahan, lembaga pemerintahan non departemen dan lembaga negara. Berikut lembaga negara yang terbentuk pada era reformasi.
Lembaga Tinggi Negara atau Organ Lapis Pertama
1. Presiden dan wakil presiden
Presiden dan Wakil Presiden, memiliki kekuasaan untuk menjalankan pemerintahan. Sebelum amademen, Presiden memiliki wewenang yaitu memegang posisi dominan sebagai mandatori MPR.
2. Dewan Perwakilan Rakyat (DPR)
Dewan Perwakilan Rakyat (DPR), didalam UUD 1945 menetapkan adanya penambahan terhadap keberadaan lembaga Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) terutama mengenai kekuasaannya dan mengenai pengisian keanggotaannya yang telah ditetapkan melalui pemilihan umum. Dalam perubahan UUD 1945 ditetapkan adanya tiga fungsi DPR yaitu fungsi legislasi, fungsi anggaran dan fungsi pengawasan.
3. Dewan Perwakilan Daerah (DPD)
Dewan Perwakilan Daerah (DPD). Keberadaan DPD berarti ada dua lembaga perwakilan di Indonesia yang mempunyai kedudukan yang sama dan keanggotaan yang berbeda serta DPD sebagai perwakilan daerah maka kewenangan dan fungsi yang dimiliki harus dikaitkan dengan kepentingan daerah.
4. Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR)
Majelis Permusyawaratan Rakyat (MPR) memiliki kewenangan atau kekuasan tertinggi negara yang kekuasaanya tidak terbatas. Kewenangannnya yaitu mengangkat serta memberhentikan Presiden dan Wakil Presiden.
5. Mahkamah Konstitusi (MK)
Mahkamah Konstitusi (MK), merupakan lembaga kekuasaan kehakiman yang mempunyai peranan penting dalam usaha menegakkan konstitusi dan prinsip negara hukum sesuai dengan tugas dan kewenangannya sebagaimana ditentukan dalam UUD 1945.
6. Mahkamah Agung (MA)
Mahkamah Agung (MA), sebelum amademen Undang-Undang Dasar 1945 kekuasaan kehakiman hanya dipegang oleh Mahkamah Agung. Mahkamah Agung merupakan lembaga independen dan tidak akan terpengaruh oleh lembaga lain.
Kewenangan Mahkamah Agung sebelum amademen yaitu melakukan pengujian terhadap peratuan perundang-undangan, memberikan pertimbangan kepada Presiden terkait memberikan grasi serta rehabilitasi.
7. Badan Pemeriksa Keuangan (BPK)
Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) bertanggung jawab untuk memeriksa segala seuatu tentang keuangan negara. Hasil pemeriksaan tersebut kemudian akan dilaporkan kepada DPR.
Lembaga-lembaga Negara sebagai Organ Konstitusi Lapis Kedua
1. Menteri Negara.
Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 39 Tahun 2008 telah menyebutkan bahwa tugas dari kementerian negara yaitu melaksanakan penyelenggaraan urusan tertentu dalam pemerintahan untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan.
2. Tentara Nasional Indonesia (TNI).
Berdasarkan Pasal 10 ayat 1, lembaga ini berperan sebagai alat pertahanan negara. Tugasnya yaitu melaksanakan kebijakan pertahanan negara untuk menegakkan kedaulatan negara, mempertahankan keutuhan wilayah, melindungi keselamatan bangsa, menjalankan operasi militer untuk perang dan operasi militer selain perang, serta ikut secara aktif dalam tugas pemeliharaan perdamaian regional dan internasional.
3. Kepolisian Negara Republik Indonesia (POLRI)
Pasal 30 ayat 4 dalam UUD 1945 menjelaskan bahwa Kepolisian Negara Republik Indonesia (Polri) adalah sebagai alat negara yang menjaga keamanan dan ketertiban masyarakat yang bertugas melindungi, mengayomi, melayani masyarakat, serta menegakan hukum.
3. Komisi Yudisial (KY)
Sesuai ketentuan Pasal 24B ayat 1 dalam UUD 1945, Komisi Yudisial (KY) bersifat mandiri yang berwenang mengusulkan pengangkatan hakim agung dan mempunyai wewenang lain dalam rangka menjaga dan menegakkan kehormatan, keluhuran martabat serta perilaku hakim.
4. Komisi Pemilihan Umum (KPU).
Lembaga KPU terbentuk berdasarkan Pasal 10 Undang-undang Nomor 3 Tahun 1999 dan Pasal 2 Keputusan Presiden Nomor 16 Tahun 1999. Tugas dari lembaga ini yaitu merencanakan dan mempersiapkan pelaksanaan pemilihan umum. Selain itu tugas lainnya yaitu menerima, meneliti dan menetapkan partai-partai politik yang berhak menjadi peserta pemilihan umum.
5. Bank Sentral.
Berdasarkan Undang-Undang kelancaran produksi, pembangunan serta memperluas kesempatan kerja guna meningkatkan taraf hidup rakyat.
Lembaga Daerah sebagai Lembaga Negara yang Terdapat di Daerah
1. Pemerintahan Daerah Provinsi.
Berdasarkan Undang-Undang 1945, pemerintahan daerah provinsi, kabupaten, dan kota mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan menurut asas otonomi dan tugas pembantuan, kecuali urusan pemerintahan yang undang-undang tentukan sebagai urusan Pemerintah dilaksanakan melalui asas dekonsentrasi.
2. Gubernur.
Gubernur berperan sebagai kepala daerah otonom, sebagai wakil pemerintah di daerah serta Wakil Presiden dalam menyelenggarakan urusan pemerintahan umum.
3. DPRD provinsi.
Berdasarkan Pasal 18 dalam UU Nomor 22 Tahun 1999, DPRD memiliki wewenang untuk memilih Gubernur atau Wakil Gubernur, Bupati atau Wakil Bupati, dan Walikota serta Wakil Walikota, memilih anggota Majelis Permusyawaratan Rakyat dari utusan daerah, mengusulkan pengangkatan dan pemberhentian Gubernur, Bupati dan Walikota. Kemudian membentuk Peraturan Daerah bersama Gubernur, Bupati dan Walikota serta menetapkan anggaran pendapatan dan belanja daerah.
4. Pemerintahan Daerah Kabupaten.
Memiliki prinsip untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan menurut asas otonomi dan tugas pembantuan, menjalankan otonomi seluas-luasnya, prinsip kekhususan dan keragaman daerah. Kemudian memiliki kedudukan sebagai daerah otonom dan sekaligus sebagai wilayah administrasi untuk memelihara hubungan yang serasi antara pusat dan daerah dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia.
5. Bupati.
Memiliki kewenangan memimpin penyelenggaraan pemerintahan daerah berdasarkan kebijakan yang ditetapkan bersama DPRD, mengajukan rancangan Perda, menetapkan Perda yang telah mendapatkan persetujuan bersama dengan DPR, menyusun dan mengajukan rancangan Perda tentang APBD kepada DPRD untuk dibahas dan ditetapkan bersama.
6. DPRD Kabupaten.
Membentuk peraturan daerah kabupaten atau kota bersama bupati serta wali kota, membahas dan memberikan persetujuan rancangan peraturan daerah mengenai anggaran pendapatan dan belanja daerah kabupaten yang diajukan oleh Bupati atau Walikota.
7. Pemerintahan Daerah Kota.
Meminta laporan keterangan pertanggungjawaban Bupati atau Walikota dalam penyelenggaraan pemerintahan daerah kabupaten atau kota serta memberikan persetujuan terhadap rencana kerja sama internasional yang dilakukan oleh pemerintah daerah kabupaten atau kota.
8. Walikota.
Mengajukan serta membentuk rancangan peraturan daerah, memimpin pelaksaan urusan pada pemerintahan kota, menetapkan peraturan daerah yang sudah disetujui oleh DPRD, menetapkan Keputusan Bupati dan Peraturan Kepala Daerah (Perkada), mengambil tindakan apabila berada dalam keadaan mendesak.
9. DPRD Kota.
Memiliki peran untuk meminta laporan keterangan pertanggungjawaban Bupati serta Walikota dalam penyelenggaraan pemerintahan daerah kabupaten atau kota dan mengupayakan terlaksananya kewajiban daerah sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.