Perkembangan lembaga negara pada era reformasi di Indonesia tidak dapat dilepaskan pada masa itu. Lembaga negara independen merupakan istilah yang paling umum digunakan oleh para pakar dan sarjana hukum tata negara. Reformasi konstitusi UUD 1945 tahun 1999 sampai 2002 merupakan perubahan besar ketatanegaraan di Indonesia, yang mengiringi menuju masa transisi ke demokrasi.
Hal tersebut memicu lahirnya banyak lembaga independen negara atau pun komisi-komisi negara. Walaupun pada kenyataannya terdapat pendapat yang mengatakan bahwa istilah lembaga negara penunjang atau lembaga negara independen lebih tepat untuk menyebut jenis lembaga tersebut.
Kedudukan lembaga-lembaga ini tidak berada dalam ranah cabang kekuasaan eksekutif, legislatif, maupun yudikatif. Namun, lembaga-lembaga tersebut dapat diperlakukan sebagai organisasi swasta ataupun lembaga non-pemerintah yang lebih sering disebut ornop (organisasi non-pemerintah) atau NGO (Non-government Alorganization).
Eksistensi LNI bermula dari kehendak negara untuk membuat lembaga negara baru yang pengisian anggotanya diambil dari unsur non-negara, diberi otoritas negara dan dibiayai oleh negara tanpa harus menjadi pegawai negara. Adapun yang termasuk dalam lembaga-lembaga negara independen adalah sebagai berikut.
1. Menteri Negara
Kementerian negara berperan penting untuk membantu kinerja presiden dalam menyelenggarakan pemerintahan. Definisi kementerian negara tercantum dalam Sejarah Undang-Undang 1945 Nomor 39 Tahun 2008 tentang Kementerian Negara Bab 1 Pasal 1 Ayat 1, Kementerian negara merupakan perangkat pemerintah yang membidangi urusan tertentu dalam pemerintahan. Para menteri bertanggung jawab atas jabatan dan pekerjaannya pada presiden.
2. Bank Indonesia (BI)
Bank Indonesia adalah bank pusat atau sentral Republik Indonesia, bersifat independen dan bebas dari campur tangan Pemerintah atau pihak lainnya kecuali untuk urusan-urusan yang diatur secara tegas dan jelas dalam undang-undang. Dalam Pasal 4 Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2004 yang menyatakan bahwa Bank Indonesia adalah bank sentral Republik Indonesia, lembaga negara yang independen dalam melaksanakan tugas dan wewenangnya, bebas dari campur tangan pemerintah maupun pihak lain, kecuali untuk hal-hal yang secara tegas diatur dalam Undang-Undang dan Bank Indonesia adalah badan hukum berdasarkan undang-undang ini.
3. Tentara Nasional Indonesia (TNI)
Tugas TNI adalah sebagai alat pertahanan dan penjaga keamanan utama negara Indonesia. TNI berfungsi sebagai penindak lanjut terkait ancaman yang bisa mengganggu kedaulatan, keutuhan, dan keselamatan bangsa Indonesia baik dalam bentuk ancaman militer ataupun bersenjata yang berasal dari dalam atau luar negeri, sebagai pemulih kondisi keamanan negara Republik Indonesia yang terganggu akibat adanya kekacauan yang mengganggu keamanan. TNI juga dilengkapi dengan persenjataan yang lebih lengkap gunanya untuk menjaga keutuhan wilayah NKRI dari ancaman-ancaman bersifat militer.
4. Kepolisian Negara Republik Indonesia (POLRI)
Kepolisian bertugas untuk memelihara keamanan dan ketertiban dalam masyarakat. Fungsinya sebagai penegak hukum, pemberi perlindungan, pengayom dan pelayan pada masyarakat. Tugas tersebut diharapkan bisa menjadi perwujudan ketentuan hukum agar masyarakat bisa menaati peraturan dan terciptanya ketertiban sosial.
5. Komisi Pemilihan Umum (KPU)
Komisi Pemilihan Umum (KPU) merupakan lembaga penyelenggara pemilu, dalam Undang-Undang Nomor 22 Tahun 2007 diatur mengenai penyelenggara pemilu yang dilaksanakan oleh Komisi Pemilihan Umum (KPU) yang memiliki sifat nasional, tetap dan mandiri.
KPU provinsi dan kabupaten atau kota adalah penyelenggara pemilu untuk wilayah provinsi dan kabupaten atau kota. Wilayah kerja KPU meliputi seluruh wilayah NKRI. KPU bekerja dengan berkesinambungan, bebas dari pengaruh pihak manapun.
6. Kejaksaan Agung
Kejaksaan RI adalah sebuah lembaga negara yang melaksanakan kekuasaan negara khususnya di bidang penuntutan. Kejaksaan sebagai badan yang memiliki kewenangan dalam penegakan hukum dan keadilan dipimpin oleh seorang jaksa agung, yang dipilih dan bertanggung jawab pada Presiden.
7. Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (KOMNAS HAM)
Komnas HAM adalah sebuah lembaga mandiri yang kedudukannya setingkat dengan lembaga negara lain yang fungsinya melaksanakan sebuah pengkajian, penelitian, penyuluhan, pemantauan, dan media hak asasi manusia. Sehingga dalam UUD 1945, dengan fungsi ketetapan MPR No. XVII/MPR/1998 tentang Hak Asasi Manusia yang kemudian atas dasar perintah dari ketetapan MPR pada tanggal 23 September 1999 diberlakukan Undang-Undang No. 39 Tahun 1999 tentang Hak Asasi Manusia.
8. Komisi Penyiaran Indonesia (KPI)
Komisi ini bertugas mengawasi pelaksanaan peraturan dan pedoman perilaku penyiaran dan standar program siaran. KPI juga bisa memberi sanksi terhadap pelanggaran peraturan atau pedoman perilaku penyiaran dan standar program siaran. Selain itu, KPI juga bekerja sama dengan Pemerintah, lembaga penyiaran, juga masyarakat.
9. Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK)
Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) merupakan lembaga negara independen yang bebas dari pengaruh kekuasaan manapun, dan dibentuk dengan tujuan meningkatkan upaya pemberantasan tindak pidana korupsi.
10. Komisi Pengawas Persaingan Usaha (KPPU)
KPPU dibentuk sebagai lembaga independen untuk mencegah dan menindaklanjuti praktek monopoli untuk menciptakan iklim persaingan usaha yang sehat di antara para pelaku usaha di Indonesia.
11. Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi (KKR)
KKR adalah sebuah lembaga independen yang bertugas menemukan atau mengungkap pelanggaran-pelanggaran yang dilakukan pada masa lampau oleh suatu pemerintahan. Pembentukan komisi ini diharapkan bisa membantu menyelesaikan konflik yang belum terselesaikan di masa lalu.
12. Konsil Kedokteran Indonesia (KKI)
Konsil Kedokteran Indonesia (KKI) merupakan sebuah badan otonom, mandiri, nonstruktural dan independen yang terdiri dari Konsil Kedokteran dan Konsil Kedokteran Gigi yang diatur dalam ketentuan umum. Konsil ini dibentuk untuk melindungi masyarakat penerima jasa layanan kesehatan dan meningkatkan mutu pelayanan kesehatan dari dokter dan dokter gigi.