Dalam sejarahnya, Indonesia telah mengalami beberapa pemerintahan dari era Soekarno hingga saat ini. Indonesia juga pernah melewati masa demokrasi era reformasi. Reformasi adalah suatu gerakan yang dilakukan setelah terjadinya krisis moneter pada suatu negara tersebut. Tujuan reformasi adalah agar terciptanya perubahan dalam kehidupan bermasyarakat, berbangsa dan bernegara secara konstitusi dalam segala sektor, seperti ekonomi, politik, hukum, demokrasi dan lain sebagainya. Adanya reformasi diharapkan dapat mengatasi masalah-masalah yang belum terselesaikan pada masa pemerintahan sebelumnya. Adapun masa reformasi Indonesia terjadi setelah pemerintahan orde baru Soeharto yang kemudian digantikan oleh Habibie. Dalam masa pemerintahan Habibie, beliau membuat beberapa kebijakan. Adapun beberapa tahap-tahap kebijakan politik presiden Habibie pada masa Reformasi diantaranya:
1. Membebaskan Tahanan Politik
Sebelum Habibie menjabat sebagai Presiden, sudah banyak sekali para tokoh politik yang ditahan karena kasus-kasus ringan hingga berat. Maka dari itu salah satu kebijakan sistem demokrasi politik Presiden Habibie pada masa reformasi adalah dengan membebaskan para tahanan tersebut. Tindakan pembebasan tersebut memiliki tujuan untuk meningkatkan legitimasi Habibie di dalam maupun di luar negeri. Selain itu, Habibie juga memberikan kesempatan kebebasan untuk seluruh masyarakat dalam membuat parpol serta rencana pelaksanaan pemilu. Adapun beberapa tokoh yang dibebaskan diantaranya adalah Sri Bintang Pamungkas yang dulunya merupakan mantan anggota DPR karena kasus memberikan kritik pada Presiden Soeharto, Muchtar Pakpahan yang merupakan tokoh kerusuhan yang terjadi di Medan tahun 1944 serta K.H Abdurrahman Wahid.
2. Kebebasan Pers
Pada masa pemerintahan Habibie, beliau memberikan kebebasan pers. Artinya, pemerintah memberikan kebebasan fungsi pers dalam pemberitaan, hingga pada akhirnya banyak sekali media massa baru atau lama yang bermunculan untuk menyampaikan sebuah berita. Kebebasan ini diimbangi dengan kebebasan asosiasi organisasi pers, hingga organisasi seperti Asosiasi Jurnalis Independen juga dapat berkontribusi dalam pers. Pencabutan SIUPP merupakan cara Habibie dalam memberikan kebebasan pers.
3. Menyelesaikan Masalah Timor Timur
Masalah Timor Timur adalah masalah yang belum terselesaikan dari pemerintahan presiden sebelumnya. Maka dari itu kebijakan politik Presiden Habibie pada masa reformasi kala itu berusaha untuk mengambil sikap yang pro aktif dengan memberikan 2 penawaran, yaitu pemberian status khusus dengan otonomi daerah secara luas atau ingin memisahkan diri dari Republik Indonesia. Otonomi luas artinya akan diberikan kewenangan dalam berbagai bidang seperti politik, budaya ekonomi, pengecualian dalam bidang hubungan antar luar negeri, pertahanan, keamanan serta dalam kebijakan fiskal dan moneter. Di opsi lain, memisahkan diri artinya secara demokrasi dan konstitusi secara damai dan terhormat akan melepaskan diri dari bagian NKRI dan Habibie akan membebaskan tahanan politik seperti Ramos Horta dan Xananan Gusmao.
Pada akhirnya, tanggal 21 April 1999 bertempat di Dili, kelompok yang terbagi atas pro kemerdekaan dan pro integrasi menandatangani kesepakatan dalam pelaksanaan penentuan pendapat di Timor Timur dengan melihat sikap rakyat terhadap 2 opsi yang diberikan tersebut. Proses pelaksanaan pendapat kemudian dilaksanakan pada tanggal 30 Agustus 1999 dan akan diumumkan pada 4 September 1999. Adapun hasilnya adalah sekitar 78,5% masyarakat Timor Timur lebih memilih melepaskan diri dari NKRI. Meskipun masalah Timor Timur sudah selesai, akan tetapi lepasnya Timor TImur ini menjadi catatan buruk pemerintahan Habibie karena tidak bisa mempertahankan bagian NKRI.
4. Pemilu dan Pembentukan Parpol 1999
Reformasi dalam bidang politik lainnya adalah dengan melaksanakan pemilu untuk pertama kalinya setelah reformasi di Indonesia diadakan pada 7 Juni 1999 silam. Pelaksanaan pemilu ini juga dibarengi dengan pembentukan parpol. Adanya pelaksanaan pemilu dianggap sebagai bentuk demokrasi dibandingkan dengan pemilu sebelumnya karena menggunakan asas luber dan jurdil. Adapun perubahan kebijakan tersebut dilandasi dengan dikeluarkannya UU no 2 tahun 1999 yang berisi tentang Partai Politik, UU no 4 tahun 1999 yang berisi tentang DPR dan MPR serta UU no 3 tahun 1999 yang berisi tentang Pemilu.
Dalam sistem pemilu di Indonesia setelah reformasi, setidaknya terdapat 141 Partai Politik yang mendaftar. Akan tetapi jumlah yang banyak tersebut kemudian diverifikasi datanya dan hanya meloloskan 98 partai. Setelah dilakukan seleksi lebih lanjut, yang memenuhi segala syarat yang telah ditentukan dalam pemilu hanya berjumlah 48 parpol. Pada 1 September 1999 sesuai dengan keputusan dari KPU dan PPI, telah dilakukan lembaga kursi dari hasil pemilu. Dari hasil tersebut, terdapat 5 partai yang mendominasi menduduki kursi DPR, yaitu PDIP sebagai pemenang pemilu, Golkar, PKB, PPP dan PAN.
5. Pemeriksaan Kekayaan Soeharto dan Kroni-Kroninya
Sesuai dengan Instruksi Presiden no 30 tahun 1998, tertanggal 2 Desember 1998 yang telah memberikan perintah kepada Jaksa Agung Baru, Andi Ghalib untuk segera mengambil tindakan hukum pemeriksaan terhadap mantan Presiden Soeharto beserta kroni-kroninya karena diduga melakukan praktek KKN. Pada 11 Oktober 1999, salah satu pejabat Jaksa Agung, Ismudjoko kemudian mengeluarkan SP3 yang isinya menyatakan bahwa penyelidikan terhadap Soeharto yang kaitannya dengan dana yayasan secara resmi dihentikan. Adapun alasan berhentinya penyelidikan tersebut adalah tidak ditemukannya bukti yang kuat untuk melanjutkan penyelidikan, terkecuali apabila ternyata ditemukan bukti baru.
Atas peristiwa tersebut, pemerintah kemudian dianggap gagal dalam pelaksanaan TAP MPR No. XI/MPR/1998 yang berisi tentang Penyelenggaraan Negara yang Bersih dan Bebas Korupsi, Kolusi serta Nepotisme, terutama penyelidikan kekayaan mantan Presiden Soeharto beserta kroni-kroninya. Disisi lain, Habibie juga memberikan gelar pahlawan Reformasi bagi para mahasiswa korban Trisaksi karena berhasil membuat Soeharto lengser pada 12 Mei 1998. Pemberian gelar ini juga bagian dari kebijakan politik Presiden Habibie pada masa reformasi.
Itulah beberapa kebijakan politik Presiden Habibie pada masa reformasi setelah lengsernya presiden Soeharto. Berawal dari proses melepaskan beberapa tahanan politik hingga melakukan pemeriksaan terhadap kekayaan Soeharto beserta dengan kroni-kroninya. Namun, meskipun kebijakan-kebijakan tersebut bagus, terdapat sebuah kegagalan pada masa reformasi Habibie yaitu lepasnya wilayah Timor Timur dari kesatuan NKRI.