Keinginan Papua untuk merdeka dari Indonesia kembali menyeruak ke permukaan. Hal ini dipicu oleh masalah rasial yang terjadi di pulau Jawa dan masalah lainnya yang telah ada sebelumnya.
Berikut adalah beberapa alasan Papua ingin merdeka dari Indonesia.
1. Papua dianggap Bukan Bagian dari Indonesia Sejak Indonesia Merdeka
Setelah Indonesia merdeka tanggal 17 Agustus 1945, terjadi Revolusi Nasional Indonesia yakni perjuangan diplomasi dan konflik bersenjata antara Indonesia dan Belanda yang didukung tentara Sekutu yang berlangsung selama empat tahun.
Untuk mengakhiri konflik, diselenggarakan Konferensi Meja Bundar di Den Haag, Belanda tahun 1949. Hasil KMB antara lain menyebutkan bahwa Belanda menyerahkan seluruh wilayah bekas jajahannya ke Indonesia kecuali wilayah Papua.
Alasan yang dikemukakan pihak Belanda saat itu adalah bahwa secara etnis, orang-orang Papua berbeda dengan orang Indonesia pada umumnya karena itu Papua harus menjadi negara mandiri.
Atas dasar sejarah inilah, para aktivis kemerdekaan Papua kemudian menyatakan bahwa sejak awal Papua bukan merupakan bagian dari Indonesia.
Namun, berdasarkan prinsip Uti Possidetis Juris, wilayah Papua masuk dalam wilayah kekuasaan Indonesia ketika Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya.
Yang dimaksud dengan prinsip Uti Possedetis Juris adalah prinsip ditetapkannya batas-batas negara yang baru merdeka dari penjajahan dengan memastikan wilayahnya kembali.
Menurut prinsip ini, wilayah Papua secara otomatis masuk dalam wilayah Indonesia karena sebagaimana wilayah Indonesia lainnya merupakan wilayah bekas jajahan Belanda.
2. Hasil PEPERA 1969 dianggap Cacat Hukum
Hasil Penentuan Pendapat Rakyat yang dilaksanakan pada tanggal 2 Agustus 1962 dianggap cacat hukum karena dianggap tidak sesuai dengan praktik internasional dan terjadi banyak kecurangan.
Anggapan ini muncul karena tidak digunakannya sistem one man one vote melainkan dengan menggunakan sistem perwakilan.
Akibatnya, para aktivis kemerdekaan dari Papua dan luar negeri meminta PBB untuk meninjau ulang pelaksanaan PEPERA dan meminta agar PEPERA diulang.
3. Diskriminasi dan Rasisme
Masalah diskriminasi dan rasisme masih belum terselesaikan hingga kini. Peristiwa diskriminasi ras sebagai penyebab rasisme yang terjadi di Jawa Timur tahun 2019 menjadi salah satu buktinya.
Meskipun sempat beredar kabar bahwa peristiwa tersebut direkayasa pihak tertentu untuk mendiskreditkan pemerintah namun dampak yang terjadi kemudian di Papua menunjukkan bahwa orang-orang Papua merasa didiskriminasi secara rasial.
4. Terjadinya Pelanggaran HAM
Jenis-jenis pelanggaran HAM yang terjadi di era reformasi di beberapa tempat di Papua belum dapat diselesaikan hingga kini. Ketidakjelasan hukum terkait masalah HAM membuat pemerintah dinilai tidak serius menyelesaikan masalah Papua.